当神社の創祀は、当社由緒書によると「大同二年（８０７年）坂上田村麻呂が荊切の里をつくりしとき、天石門別神社が鎮座された」と伝え、明治１２年発刊の「茨木村誌」や 大正１１年に纏められた「大阪府全志」にも「大同二年二月坂上田村麻呂茨木町ヲ作ル 是日本町ノ始ト十三朝集ニ有」と記されています。そしてこの「荊切の里」は、今日の宮元町付近と伝えられています。
この処に人々が住み、天石門別神社を創祀した経緯や情況、坂上田村麻呂公との関係等については、何ら資料がなく明らかではありません。しかし、大同２年から逆上ること３年前、 延暦２３年（８０４年）に坂上田村麻呂公は、和泉・摂津両国に天皇巡幸時の仮宮殿・行宮設定のために派遣され両国の各所を巡視されています。また延暦年間は、東北征討を通して東北から摂津・和泉へ、関東各地から東北へ人が移動定住した時代でもありました。そして延暦２４年（８０５年）は、長岡京・平安京の二度の造都事業と度重なる東北征討軍事によって農民が疲弊しているとして民政安定へ朝廷の方針が変更決定された年でもあり、このような時代の背景が起因しているのではないかと考えられます。
平安時代の延長５年（９２７年）に編纂された延喜式巻第九に摂津国嶋下郡十七座の一つとして、天石門別神社の名が記されています。それは、天石門別神社が編纂当時に官幣社として尊崇されていた神社であったことを意味し、今日では特に式内社と呼ばれます。
爾来、中条村・茨木村の氏神として広く国主領主をはじめ多くの人々の崇敬をあつめました。
中世に入り楠木正成公が村近くに砦を築いて後、戦国時代には城郭が整えられ惣構形成の過程で、茨木村はそれまでの農村的集落から城下町へと変貌し、天石門別神社も現在地へ奉遷されたのでした。
中川清秀公も当社への崇敬の念篤く、当社への狼藉を厳しく禁止する禁制の高礼を掲げるとともに、天正８年（１５８０年）には神領十三石を寄進しました。この時代、摂津名所図会（寛政１０年・１７９８年）及び社伝によると高槻城主高山右近が、織田信長に倣い神社仏閣を焼却するに際し、信長が天照大御神、春日大神、八幡大神及び牛頭天王（素盞嗚大神）の諸社は焼くべからずとしたので牛頭天王を祀ると詐称して焼却を免れたと伝えられています。
そして、元和８年（１６２２年）牛頭天王、春日大神そして八幡大神を祀る社殿を新たに築いて本殿とし、天石門別神社を奥宮として今日に至っております。
明治５年、明治の社格制度により茨木神社が郷社に列せられますが、氏子による元宮天石門別神社への社格授与嘆願運動が起こり、明治１２年郷社に列することとなり、 一境内に郷社が二社ある全国にも珍しい神社でもあります。昭和２１年、神社制度の改革により宗教法人として新たに発足し現在に及んでいます。
天手力男命は、天の岩屋に入ってしまわれた天照大御神が、外の様子を見るために岩戸を細めに開けられた際、再び岩戸が閉じられないように両手で渾身の力をこめて堅く押さえ、すぐさま天照大御神の御手をお取りし、引いてお出し申し上げた神様です。天宇受売命は、天の岩屋の前でおもしろく、楽しく踊られ、天照大御神が外の様子を見るきっかけとなった神様です。
当神社の元宮であり延喜式内社であります。元は今日の宮元町に鎮座されていましたが、茨木城築城の際に現在の地に移され、明治１２年に郷社に列せられました。そして、昭和４９年に氏子崇敬者の浄財によって神明造の社殿に改築造営されました。
「茨木村誌」には「当社ハ往古別境内ニシテ茨木川ノ傍ニアリ」と記され、 棟札にも「元和八年九月十日修造」とあることからそれ以前に御鎮座されたことが窺えます。
『延喜式』には、宇迦御魂神のことを「是稲霊也」と記されており、稲や他の穀物に宿る精霊すなわち食物の守り神とされています。宇迦御魂神を稲荷といったのは、稲生或いは稲成という意味で、稲が立派に生成化育する守護についていったものです。延享３年（１７４６年）御鎮座。猿田彦命は別殿でありましたが、大正１３年（１９２４年）現在の社殿を築き合祀されました。
棟札に「元禄二年正月奉再興」とあり、それ以前に御鎮座されたことが窺えます。
天満宮は、楠木正成公が建武年間に、摂津・和泉守護として茨木城を築かれた折に城の鎮守として祀られました。 元和３年（１６１７年）茨木城廃城により当地へ奉遷されました。その後明治１２年、村人の奉願により村社に列せられました。
主原神社は、元主原村（現茨木市主原町付近）に祀られていました。棟札から、天正１０年（１５８２年）以前の創建と考えられます。本殿は覆屋造営に際して行われた学術調査によって、江戸初期まで遡る可能性があります。明治４１年（１９０８年）５月６日に合祀令により当地へ合祀されました。
多賀神社は、元下中条村（現茨木市下中条町付近）に祀られていました。創建は宝永２年（１７０５年）と旧本殿に墨書されています。明治４１年６月１３日に合祀令により当地へ合祀されました。平成２０年の覆屋造営の際に、社殿を新たに造営しました。
皇太神社は、元上中条村（現茨木市上中条）に祀られていましたが、明治４１年６月１３日に合祀令により当地へ合祀されました。現社殿は、昭和５９年（１９８４年）上中条氏子の篤志によって造営されました。
宝暦１２年（１７６３年）奉納の石燈籠によって、それ以前の創建であることが窺えますが、 後に刊行された「摂津名所図会」には描かれていないことから、以降に他所から当地へ合祀されたと考えられます。ご祭神の中で金山彦命は、明治４１年（１９０８年） 主原（現御旅所）から合祀されました。金山彦命は、古代より鉱山及びその精錬等の守護神として信仰・奉祀されてきました。
市杵島姫命は、いわゆる宗像三女神のお一人であり、水の神、海の守り神と称えられております。市杵島姫命をお祀りする宗像大社（福岡県）は大陸への、厳島神社（広島県）は瀬戸内海の海上交通・道中安全の神様として信仰されてきました。当社の厳島神社も創建は不詳ですが、茨木の地が陸路・水路の要衝の地であったことから、また町衆の商いの発展を願ってお祀りされたのではないかと思われます。
元和３年（１６１７年）の秋、里の商人が田舎より米穀を買い求めてきたところ、その俵の中から恵美須神の御絵像が厳然と現れました。それより町内の商家の私宅で順番に祭祀されてきましたが、民家で御神像を持ち廻ることは恐れ多いと、宝永５年（１７０８年）より毎年神社内で祭礼を厳修して、村里の商いがますます繁盛することを祈ってきました。明治１２年（１８７９年）９月新たに当社境内に社殿が創建されました。さらに昭和３８年に現在の建物を造営しました。
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